1. Расчеты свойств (в частности, спектров поглощения) ретиналь-содержащих белков гибридными методами квантовой химии/молекулярной динамики;
2. Бактериальные и архейные двухкомпонентные сенсорные системы: изучение роли HAMP доменов и кластеризации белковых комплексов в передаче сигнала;
3. Молекулярная динамика bc1-комплекса дыхательной цепи: изучение взаимодействия между сайтами окисления и восстановления хинонов (Qo и Qi);
4. Молекулярная динамика бактериальных токсинов: процессы встравания в мембрану и образования поры трихогина и колицина А.