Создание пептидов по последовательности

Скрипт создает пептидную цепь из заданной последовательности аминокислот.

Принцип работы:

Скрипт построчно считывает название аминокислоты и торсионные углы из файла сиквенса. В соответствии с торсионными углами строит остов, а затем присоединяет к нему боковые цепи аминокислот, правильным образом ориентируя их.
Аминокислоты берутся из папки PDB.

Важно:

Файл с последовательностью должен быть такого вида:

Аминокислота угол φ угол ψ

Например:

ALA    -60    -30
GLY    -60    -30
GLN    -60    -30
GLY    -60    -30
GLY    -60    -30
TYR    -60    -30
GLY    -60    -30
GLY    -60    -30
LEU    -60    -30
GLY    -60    -30
SER    -60    -30
ALA    -60    -30
GLY    -60    -30
GLN    -60    -30
GLY    -60    -30
GLY    -60    -30
TYR    -60    -30
GLY    -60    -30
GLY    -60    -30
LEU    -60    -30
GLY    -60    -30
SER    -60    -30
...

Пустые строки недопустимы и будут трактоваться как глицин.

Если имеется последовательность в однобуквенных обозначениях, используйте следующий скрипт

wget http://www.molsim.org/sites/default/files/classicAA_view.tar.gz

Распакуйте его:

tar -xvf classicAA_view.tar.gz

Запустите его командой

./classicAA_view.sh input.seq

где input.pre файл с сиквенсом в однобуквенных обозначениях, записанный в одну строку без пробелов.
Допишите торсионные углы и приведите файл к вышеуказанному виду. Обратите внимание, что последняя строка не должна быть пустой!

Последовательность должна быть записана в порядке перечисления аминокислот от N- к C-концу.

Использование:

Скачайте архив со скриптами и необходимыми файлами в желаемую директорию:

wget http://molsim.org/sites/default/files/seq2pdb.tar_0.gz 

Распакуйте его:

tar -xvf seq2pdb.tar.gz

Для работы скрипта требуются две библиотеки:
Math::Vector::Real и Math::MatrixReal
Скачайте, распакуйте и установите их в соответствии с инструкциями в файле readme.txt.

wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/S/SA/SALVA/Math-Vector-Real-0.06....
tar -xvf Math-Vector-Real-0.06.tar.gz

wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/L/LE/LETO/Math-MatrixReal-2.08.ta...
tar -xvf Math-MatrixReal-2.08.tar.gz

seq2pdb.pl:

./sec2pdb.pl [filename]
например, для файла последовательности output.seq:
./sec2pdb.pl output.seq

в директории появится файл output.pdb

Для вышеприведенного сиквенса Вы получите спираль такого вида.

vmd output.pdb